Trước đây thị trấn Phú Phong vốn là thôn Phú Phong, xã Bình Phú (nay là hai xã Tây Phú và Tây Xuân).

Ngày 24 tháng 3 năm 1979, Chính phủ ban hành Quyết định số 127-CP về việc thành lập thị trấn Phú Phong trên cơ sở thôn Phú Phong thuộc xã Bình Phú.

Phú Phong khi đó là một trong những thị trấn đầu tiên của tỉnh Bình Định tái lập sau năm 1975, cùng với Bồng Sơn (nay là phường Bồng Sơn, thị xã Hoài Nhơn), Bình Định (nay là phường Bình Định, thị xã An Nhơn).

Năm 2006, thị trấn Phú Phong sáp nhập thêm một phần diện tích và dân số của các xã lân cận.

Ngày 25 tháng 6 năm 2015, Bộ Xây dựng ban hành Quyết định 748/QĐ-BXD công nhận thị trấn Phú Phong là đô thị loại IV[1].